เมื่อวันที่ 17 เมษายน 2562 ได้มีการเผยแพร่ประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่องแต่งตั้งข้าราชการพลเรือนสามัญ โดยมีพระราชโองการโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้ พลเรือตรีสมเกียรติ ผลประยูร ข้าราชการพลเรือนสามัญ พ้นจากตำแหน่ง รองเลขาธิการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) และแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง “เลขาธิการ ศอ.บต.” ตั้งแต่วันที่ 9 เมษายน 2562 ซึ่งประกาศ ณ วันที่ 17 เมษายน 25

โดยประวัติที่ผ่านมานั้น “พลเรือตรีสมเกียรติ ผลประยูร” เคยเป็นนายทหารเรือนาวิกโยธินที่ผ่านหลักสูตรการฝึกหลักสูตรลาดตระเวนสะเทินน้ำ สะเทินบก หรือ Recon และเคยเป็นผู้บังคับกองพันลาดตระเวนฯ หรือ กองพัน Recon ด้วย ทั้งนี้ขณะที่พ้นจากตำแหน่งอดีต ผบ.ฉก.นาวิกโยธิน กองทัพเรือ ค่ายจุฬาภรณ์ นราธิวาส เมื่อตุลาคม 2556 ยังได้เคยประกาศไว้ว่า “ชีวิตนี้จะไม่ไปไหน จะอยู่ช่วยทำให้เกิดความสงบให้ได้” เพราะชีวิตนี้ผูกผัน กับชายแดนภาคใต้

ทั้งนี้ในระหว่างทำหน้าที่รักษาราชการแทนเลขาธิการ ศอ.บต.ที่เกษียณราชการไปนั้น พล.ร.ต.สมเกียรติ ผลประยูร ได้เคยพูดว่า “เราอยากทำให้ทุกคนมีความสุขในพื้นที่นี้แผ่นดินนี้เป็นที่เดียว ที่มีสังคมพหุวัฒนธรรมที่ชัดเจน ด้วยความที่เป็นสังคมพหุวัฒนธรรม ศอ.บต.คือศูนย์กลาง มีหน้าที่เชื่อมต่อ เติมเต็ม ทุกส่วน เพื่อให้การพัฒนาไปในทิศทางเดียวกัน มีเป้าหมายเดียวกัน”
อย่างไรก็ดีก่อนจะได้ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็น‘เลขาธิการ ศอ.บต. ทหารคนแรก’ นั้น “พล.ร.ต.สมเกียรติ ผลประยูร”โอนย้ายจาก ทหารเรือ มาอยู่ สภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) และมาอยู่ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.)